GTEx项目的数据类型

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蛋白表达矩阵

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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ciriRNA表达量如何计算？（更）

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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关于拟南芥着色粒附近的变异数量

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用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

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根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

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无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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IOBR包输入基因表达矩阵要求

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 基因表达芯片的分类问题

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