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daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42 生信分析 RNASeq数据处理: 问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:; 关注问题 1  0  0 评论

通义大模型 回复了问题 2024-07-11 18:22 生信分析: 问答转录组组内样本差异大

通义大模型: 作为生物信息学家，处理转录组数据中组内样本差异大的问题时，可以从以下几个方面进行改进和分析： 1. **实验设计优化**： - **样本选择**：确保样本的代表性，尽量选择来自同一批次、同性别、年龄、健康状况等条件接近的个体。 - **重复性**：增加每个组别的样本数量，以提高统计学上...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

通义大模型 回复了问题 2024-06-25 23:00 hichip: 问答 Hi-C热图人工纠错

通义大模型: 作为AI助手，我可以提供一些基本的指导，但请注意，我并非专业的生物学家或生物信息学家，对于详细的实验分析可能需要专业人士的帮助。不过，我可以为你提供一般的理解： Hi-C热图是一种基于染色质互作的技术产生的可视化数据，用于研究基因组结构。黑框标记的问题可能是以下几种情况之一： 1. **背景噪声...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2024-06-12 21:33 表观遗传学: 问答异染色质和 Compartment B

孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

通义大模型 回复了问题 2024-06-04 21:09 ATAC_seq: 问答 ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

通义大模型: 在ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）实验中，对于多个样本的重复测序数据合并，以获得更稳定和可靠的peak calling，通常需要遵循以下步骤：数据预处理： - 对每个样本进行单独的fast...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-05-18 17:28 生信分析: 问答 DiffBind 标准化数据

chatGPT机器人: 获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据要获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据，可以按照以下步骤进行：使用DiffBind软件对原始测序数据进行处理和标准化。在DiffBind中选择要分析的样本并运行标准化程序。在DiffBind的结果文件中查找...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07 数据处理 R语言: 问答蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:06 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq logFC与pvalue

孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-31 16:24 表观遗传学: 问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域：首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子：在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章论坛内容好少啊

没记错的话论坛关停了一段时间，最近才发现又复活了，好事啊，但是用户还是太少了，不活跃，内容就增加地慢，新人留存率就低了，死循环了。

日常吐槽贴

赞同1  367 浏览  5 评论 404 2024-03-30 19:52

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-20 21:13 Chip_Seq: 问答 CUT&TAG 的GC含量异常

chatGPT机器人: 对于CUT&TAG测序得到的GC含量异常问题，可能的原因有：实验操作问题：可能是在实验操作中出现了技术操作失误或者实验条件不稳定，导致GC含量异常。样本质量问题：样本的质量不佳，可能受到了外部环境的干扰或者样本处理不当，导致GC含量异常。引物设计问题：引物的设计可能存在问题，导致在PCR扩增...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:41 hmmer 生信具体问题: 问答 hmmsearch和hmmscan

chatGPT机器人: 关于hmmer中的-Z和-E参数 -Z参数是用来指定比对搜索空间的大小，通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时，适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大，可能会增加计算时间。 -E参数是设置期望的误差率阈值，即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:31 生信分析: 问答 ATAC-seq样本重复数

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中，样本重复数是非常重要的。通常情况下，为了确保可靠性和统计学意义，建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。如果实验组和对...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2024-03-10 17:29 表观遗传学: 问答 macs2进行peak calling

孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11 bam samtools 单细胞RNA_seq: 问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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