【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2111: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 2966 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 3246 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 3427 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 3331 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 2966 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 2039 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 1275 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 5468 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容: 2548 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 2614 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 xp-ehh取top值: 2703 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信到底如何入门？？？: 4286 浏览 6 关注 6 回答 0 评论

问我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 3387 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 3038 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问安装anaconda时conda命令无法起作用: 3988 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1387 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 tophat报错 & cufflinks安装报错: 1903 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 3189 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026