【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1233: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？: 1510 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？: 979 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2430 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何计算富集分析里的差异倍数: 1419 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tsRNA测序思路求助: 1777 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容: 1720 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 1727 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1622 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题: 1622 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

【求助】差异表达和特异表达: 1713 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问从bed文件获取注释: 2225 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 1761 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问基因互作网络和蛋白互作网络: 1554 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 1763 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 2041 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 tophat报错 & cufflinks安装报错: 1308 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 1774 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 910 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 2189 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025