【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2290: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。: 2159 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 3261 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 2292 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 2598 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在差异表达前消除批次效应: 2595 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 2456 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】怎么能画出子网络图: 1483 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 3129 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 3134 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 2816 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问备份: 2200 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 2193 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 3317 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 3245 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ggtree可视化NJ树: 2506 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 3290 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 4167 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xp-ehh取top值: 2932 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 3250 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2807 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026