ciriRNA表达量如何计算？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2089: 浏览

ciriRNA表达量如何计算？

用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定到的circRNA，看了很多文章都是用bsj（反向剪切位点）的reads数算RPM值来归一化表达量，具体该如何计算呢？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-06-20 17:02

ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：

使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。
根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RPM值，即每百万条mapped reads中该circRNA的bsj reads数。 RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
为了消除不同circRNA之间样本量和测序深度的差异，需要进行归一化处理。常用的归一化方法有TPM和FPKM，这里以TPM为例。 TPM是指Transcripts Per Million，即每百万条mapped reads中该circRNA的占比。TPM值的计算首先需要得到每个circRNA的长度（L），然后计算出该circRNA的标准化因子（F），最后用RPM值除以标准化因子F，再乘以1,000,000，即可得到该circRNA的TPM值。 F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000

综上所述，ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算，可以得到每个circRNA的表达量，并进行比较分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: ljl.ouc 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-20 16:53

更新时间: 2023-06-21 17:35

关注人数: 2 人关注

相关问题

FPKM计算问题: 1236 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 936 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 2414 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。: 1419 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 2061 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何批量绘制多条折线: 2178 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢？: 1253 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1519 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 1628 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

cafe 结果可视化如何操作？: 1490 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 1965 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1499 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1585 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 HISAT2建立索引: 2550 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 2363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 1494 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组定量结果为0: 3642 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 2147 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 2012 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问基因表达: 1518 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025