可否用sanger测序测某一基因的上下游序列

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IOBR包输入基因表达矩阵要求

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bowtie2 参考基因组注释 比对

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【求助】如何确定时期特定表达基因

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如何在差异表达前消除批次效应

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enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

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群体内同源基因的所有变异

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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转录本坐标转换成基因组坐标

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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