细菌基因组分析

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有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学)

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WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

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log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

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如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

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ATAC-seq不同测序量样本的差异比较

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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