【求助】差异表达和特异表达

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ciriRNA表达量如何计算？（更）

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如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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[求助]WGCNA具体参数

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如何计算富集分析里的差异倍数

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当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

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【求助】如何确定一种基因ID的类型

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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