为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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三代测序使用进行gmap比对

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mhcflurry的使用

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ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

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请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？

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Liux中gtftk closest_genes怎么使用？

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使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

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htseq使用出现故障

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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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