bowtie2 参考基因组注释 比对

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EVM整合基因组注释

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在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

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基因组组装问题

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参考基因组添加外源基因序列进行比对

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请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

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如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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细菌基因组分析

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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