参考基因组添加外源基因序列进行比对

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

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EVM整合基因组注释

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转录本坐标转换成基因组坐标

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为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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如何计算碱基偏好性？

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基因组组装

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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