芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？

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芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？

芯片数据分析

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xiaoyingshi 初级会员用户来自于: 美国
2018-09-12 19:17

芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。 1个经历：分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候，LNCaP和ABL细胞系的差异基因均为0，且做hclust图的时候也很明显发现control和mutant都没有分开。在去除批次效应之后可以找到差异基因，且hclust图也会有比较明显效果。

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发布时间: 2018-09-12 18:59

更新时间: 2018-09-12 19:17

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