sc-ATAC数据质控

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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GEO数据读入

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如何批量下载SRA数据库中的数据？

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Hichip得到loop数据如何注释？

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用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

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最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

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单细胞数据的多个lib是什么意思呢？

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不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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