芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

702 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

804 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

587 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助GATK 说明书

653 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

【求助】差异表达和特异表达

906 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

bivalent domains 如何计算

983 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

818 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

FPKM计算问题

564 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】怎么能画出子网络图

543 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？

368 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

702 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

925 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

804 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

728 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

972 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

1043 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

895 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

710 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

452 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

640 浏览 2 关注 1 回答 0 评论