该问题已被锁定!
2
关注
2187
浏览

ciriRNA表达量如何计算?(更)

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-07-02 23:09

要计算ciriRNA的表达量,可以使用SRBPM(Spliced Reads per Billion Mapped Reads)或TPM(Transcripts per Million)进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤:

1. CIRI2输出结果: CIRI2是一个流行的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:

a. 打开CIRI2的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。

b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数。这可以通过使用一些常见的测序数据分析工具(例如Bowtie、STAR、HISAT等)将原始测序数据比对到参考基因组或转录组,然后从比对结果中提取mapped reads数。

c. 将CIRI2输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。

2. find_circRNA输出结果: find_circRNA是另一个常用的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:

a. 打开find_circRNA的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。

b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数,方法同上。

c. 将find_circRNA输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。

以上步骤可以帮助你从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数,并进一步计算ciriRNA的表达量。

关于作者

ljl.ouc 注册会员

这家伙很懒,还没有设置简介

问题动态

发布时间
2023-07-02 23:04
更新时间
2023-07-03 19:02
关注人数
2 人关注

相关问题

seurat包,如何调节大热图左侧的基因字体大小
用户如何涨积分?
蛋白表达矩阵
VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类
如何提取可变剪切位点?
【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点?
如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads
【求助】在Ubuntu如何上网
FPKM计算问题
请问在不考虑测序质量的情况下,如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基?

推荐内容

synapser无法加载
肿瘤亚型分析
几个酶有许多共同基因,这些酶产物之间存在什么关系
转录组和代谢组联合分析的方法有那些?
samtools 有错误
不同比对软件出的结果能进行比较吗?
转录组测序问题
植物TWAS流程
转录组
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026