一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

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怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

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根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

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问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

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如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）

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R软件里Bray-Curtis指数计算

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ciriRNA表达量如何计算？（更）

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riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

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基因组组装问题

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信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 基因表达芯片的分类问题

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