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二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?
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二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?
二代测序
count
按照常规的二代测序深度建议: 以人为例 mRNA测序 6G clean data; miRNA测序 10 M clean reads; 计算差异表达的基因,为了后续进一步研究,我的目的是筛选上调表达这种; 我现在的结果根据count-TPM>10 的出来的结果还不错。。那么文章中怎么说明这个问题呢? 谢谢! 表述不是很清楚,截了个图说明一下,我想问的应该是TPM数 [attach]214[/attach]
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孟浩巍
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用户来自于: 北京市
2018-09-14 11:12
修改: 你这个不是count数目,是TPM,可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1,TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1,可以是0.5,可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 我不太明白,你是取的raw read count 数目吗? 如果是的话,不应该是整数么?
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桶桶要好好学习
初级会员
这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-09-14 10:55
更新时间
2018-09-14 11:21
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