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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 20:54 deeptools. ChIP_seq: 问答含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示

孟浩巍: 怎么展示的都有，怎么漂亮怎么来。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:22 可变剪切: 问答 rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

孟浩巍: rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach] 在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:17 转录组比对: 问答什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

孟浩巍: 楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/si...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:15 Ideogram可视化: 问答 Ideogram的画法

孟浩巍: 这种ideogram，目前我认为比较好用的工具是 Bioconductor里面的IdeoViz包； [attach]164[/attach] 但是如果想要你说的这个效果，我觉得绝大多数情况下，应该都是画完以后后期再美化的。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-07 23:44 生信入门: 问答基因互作网络和蛋白互作网络

海王坑: http://stitch.embl.de/蛋白互作; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

张建鹏 回复了问题 2018-09-07 17:50 数据库使用: 问答通过SRA编号寻找对应的文章

张建鹏: 到NCBI搜一下SRA编号，点进任意搜索结果，然后你找到PRJN开头的研究项目编号，点击就会出现你要的东西; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-07 11:01 Bioconductor R语言 软件安装: 问答 R语言安装"MotIV"软件包，出现如下报错怎么办？

孟浩巍: 如果是ubuntu系统，需要安装一个库 [code]sudo apt-get install libgsl0ldbl[/code]相关信息： [code]gsl-bin: GNU Scientific Library (GSL) -- binary package libgsl0-dbg: GNU ...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-07 10:51 RStudio: 问答服务器linux系统上安装Rstudio和相应配置问题？

笨阿牛: 这个问题对于孟神来讲是很简单的！但是对于新手入门的话，还是需要一个感同身受的教程的。作为一个新手，我之前在网上搜教程，安装了一个不能绘图的12版本，又不会卸载，只能重装系统了，咳咳！这个问题和我之前提问的一样，我已经解决了！这个是别人提供的教程，亲测可行！ [url]https://www.rst...; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 3 回复

sysuwinux 回复了问题 2018-09-06 23:10 多因素COX: 问答多因素COX回归后画risk score曲线

sysuwinux: 我已经解决了这个问题，横坐标改为样本编号就可以了附上结果图。; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-06 16:14 基因组注释: 问答一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

孟浩巍: 一般都说的是正链。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

展翔逝时 回复了问题 2018-09-06 14:08 生信入门 数据处理: 问答去除数据中特异值的方法

展翔逝时: [url=https://onenote.com/webapp/pages?token=K10emmh5SYkW-ciU_U-05-CIYGbQ4Vei1fVGM-F0i6uak42LQlmv2B6IGu4TBWZS3mgdp6SLVhLBn6IgiyjAy8plsG7T-eT50undefined...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 16:59 linux: 问答服务器与终端的字符编码问题

孟浩巍: 你是用vim打开的吗？ less有可能不支持中文，vim可以支持的~; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:11 生信问题: 问答 RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？

孟浩巍: 因为测序的时候是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上，所以在正常mapping回去的时候也应该是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上。但是如果是circRNA被测序到，这个测序就会出问题，就会出现本来应该出现两种朝向完全相反的情况，当出现这种情况的时候，就是你要的cir...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:05 参考基因组: 问答请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义

孟浩巍: 请参考我的视频教程：第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av12969326/[/url] 主要内容 [list] [*]Linux基础操作（1:00 - 20:30)[/*] ...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-05 11:04 生物信息学 考研: 问答考研生物信息学院校推荐

海王坑: 其实国内并没有很多纯粹的生物信息学学院吧，看你自己的定位，结合自己的基础。如果自己是上游学科的基础，比如数学专业等出身，可以考虑算法开发往国外找找信息，国内老师大部分的方向还是在基于一个具体的研究，需要使用生信作为一门技术手段去分析数据，大部分处于一个下游学科方向，这样的话选择就挺多的了; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

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