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海王坑 回复了问题 2018-09-05 10:55 生信入门: 问答【求助】差异表达和特异表达

海王坑: 这个公式文章的链接能不能发一个我觉得可以同时用这两种方法分析，相互验证或者取个交集，再下结论是这些基因导致品系差别; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 09:19 #单细胞测序QC: 问答如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

孟浩巍: 是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。另外，单细胞现在有各种完整的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

谁拿了我的炸鸡腿 回复了问题 2018-09-04 21:38 没事找事: 问答如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？

谁拿了我的炸鸡腿: 留名高锰酸钾; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 13 回复

y461650833y 回复了问题 2018-09-04 16:25 芯片数据分析: 问答如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

y461650833y: 好好看看材料方法啊！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

y461650833y 回复了问题 2018-09-04 16:22 没事找事: 问答先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。

y461650833y: 我就希望今年文章顺利接收，年底顺利毕业！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 10 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:21 生信分析: 问答关于RSEM和RPKM

孟浩巍: 癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:17 统计: 问答统计学，如何从入门到放弃？

孟浩巍: 统计的话，还是如果是做生物信息学相关的内容，我推荐这么几本书： 1. 基础的浙江大学版本《概率论与数理统计》 2. 进阶一点的看第8版的 Fundamentals of Biostatistics，这本书貌似还没有中文译本，所以如果觉得吃力可以且看且用； 3. 《统计学习导论》这本书...; 赞同3 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 10:54 linux: 问答 Linux下，通过循环批量拷贝文件。

孟浩巍: 我跟楼上想的方式类似： [code]find -name "*.seg.txt" | grep -f ABSOLUTE_samp.csv | xargs -I {} cp {} $target_path/{}[/code]; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:54 htseq: 问答 HTseq gtf文件的选择

孟浩巍: 请参考我之前的回答： [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/36065699[/url]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:35 甲基化: 问答启动子区域甲基化位点选择

孟浩巍: 看你怎么计算了，如果你要计算的region正好包括两个点，那么取平均，取中位数，取最大值等等都可以，要看你说明的问题是什么。这里你简单处理的话，取平均就好。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

韩逸青 回复了问题 2018-09-03 14:47 生信入门: 问答生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究

韩逸青: 好的多谢孟神; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-03 14:05 生物信息学: 问答想要提取指定基因的行信息

minipeach: name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do grep $dd 5406.txt >> result1.txt done 这是我提取信息的脚本，其中name_deal.tx...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

minus_yao 回复了问题 2018-09-03 10:10 比对统计 sam文件 hisat2 转录组比对: 问答 reads比对的统计

minus_yao: 可以用RseQC 软件中的脚本，是一个python包，有geneBody_coverage2.py, read_distribution.py, RPKM_saturation.py进行测序结果统计分析; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

窒息的杰克 回复了问题 2018-09-03 00:30 Gene ID转换: 问答关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）

窒息的杰克: 同意楼上推荐，Y叔的clusterProfiler确实是神包，做基因GO富集和KEGG分析时很方便。用birt函数就可以了; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:52 生信入门: 问答【求助】如何确定时期特定表达基因

孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca...; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

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