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天地本无心 回复了问题 2018-09-13 13:03 linux: 问答 linux条件下，如何只删除文件夹

天地本无心: 还是没有get我上一条解答。 ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do rm -fr ${folder}; done 你把每个管道里的内容操作一下就明白了。另外，如果你想按照你的想法来的话。可以如下操作： ls -l |...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

天地本无心 回复了问题 2018-09-13 11:19 shell脚本批处理问题: 问答求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？

天地本无心: ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do cd ${folder}; mv * ../; cd ../; done; 赞同2 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-13 10:49 GEO: 问答在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件

海王坑: [attach]207[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 19:56 甲基化 生信报错: 问答 Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）

孟浩巍: 判断不太出来是哪里出问题了。建议使用1% ~ 10%的数据对bismark进行测试，现在的bismark都是默认bowtie2了。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

xiaoyingshi 回复了问题 2018-09-12 19:17 芯片数据分析: 问答芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？

xiaoyingshi: 芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。 1个经历：分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

d507752023 回复了问题 2018-09-12 10:37 shell文件: 问答求助一个shell脚本问题

d507752023: for i in `seq 1 100` ;do echo *** SRR$i >>run.sh ;done; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 09:21 生物信息学 lncRNA: 问答如何筛选小鼠lncRNA?

孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

ccssooll999 发起了提问 2023-06-01 14:45 生信分析: 问答人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?

萌新对两方面都很感兴趣，希望有大佬能帮助拓宽眼界。感谢！:; 关注问题 1  0  0 评论

d507752023 发起了提问 2023-05-18 14:34 共线性: 问答请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

:; 关注问题 1  0  1 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-11 14:32 热图绘图 R语言: 问答 R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例

孟浩巍: 本质上图例也是一个heatmap，我当时是使用分割画，然后再拼到一起。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

whalefall 发起了提问 2018-09-11 10:23 软件使用: 问答 oh my zsh怎么配置

目前在使用win下的ubuntu，但是觉得它的终端实在太丑，所以想利用zsh美化一下终端，大佬们有什么好建议么:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 20:00 RNASeq数据处理: 问答想问一个RNA-Seq的流程问题

孟浩巍: 如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 19:52 double free: 问答 double free or corruption 怎么解决

孟浩巍: 你这个描述得再详细一点。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

笨阿牛 发起了提问 2018-09-10 13:31 R语言分析数据: 问答 x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

参照的是bioconductor workflow里面的RNAseq123教程。输入class(x)的结果如下： [1] "DGEList" attr(,"package") [1] "edgeR" 而x本身包括三个列表x$samples x$counts 和x$genes [b]上一...:; 关注问题 1  0  2 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 11:22 z_score NIPT: 问答 NIPT算出了z-score后想要基于z>3的值对Z值进行校正该用什么方法

孟浩巍: 我觉得问题没有太明确，首先我们需要理解z-score是什么，本质上z-score是原始数据减去原始数据的平均值，然后除以原始数据的样本标准差。这样变换以后，就是得到的z-score。如果数据的原始分布是正态分布或者是近似正态分布，那么z-score以后就是标准正态分布 x ~ N(0,1)...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

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