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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 21:56 芯片数据分析: 问答基因表达芯片的分类问题

孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光；双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。常见双通道：甲基化芯片；常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

米婷婷 回复了问题 2018-08-23 20:59 问题求解: 问答如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题

米婷婷: [size=14]fastx_trimmer是为了去掉测序质量不好的两端序列并且统一所有reads的长度，所以只能按照你最终要求的长度来切而不可能去补平，根据fastqc的结果看首尾两端质量较差的片段有多长再决定 -f 和 -l 参数，比如说我的测序长度是150bp, cutadapt 去除完低于1...; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 17:21 问题求解 FASTQC: 问答使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...; 赞同3 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 15:52 生信入门: 问答在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

孟浩巍: 从报错的角度来说，是压缩文件解压缩的时候报错。一般出现这个问题，是文件完整性的问题，建议检查文件的MD5，如果是gz格式压缩的文件，可以使用： [code]gzip -t filename.gz [/code]来检测文件的压缩是不是有问题。; 赞同2 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-23 14:47 问题求解 GO分析 R: 问答 R进行GO时出现No gene can be mapped....

jailyn: 修改成为“ENTREZID” 之后还是一样的问题。 --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: 818055,837839,839140,831727,832825,839243 --> return NULL...; 赞同1 反对 0 人感谢 4 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 14:45 芯片数据分析: 问答请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

孟浩巍: 芯片数据分析，大概可以分成这么几个步骤： [attach]10[/attach] 分别是背景矫正（background correction） -> 归一化（normalization） -> 合并探针（summarization）每一步的算法最常用的如下： [attach]11[/a...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

fcdslz 回复了问题 2018-08-23 14:00 没事找事: 问答大咖们好！如何像群主一样优秀自带关注

fcdslz: 哈哈哈这个简单题主你积极回答问题就行了，群主看你很努力回答问题肯定给你也自带关注的！; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

苛柯Sin 回复了问题 2018-08-23 13:56: 问答用户如何涨积分？

苛柯Sin: 可以参照生信坑积分规则 http://www.bioinfo.info/?/integral/rule/; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

YJSNPI 回复了问题 2018-08-23 12:15 没事找事: 问答测试交流区

YJSNPI: pdf test; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 17 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 11:32 Python rpy2: 问答有没有用过python调用R程序的模块rpy2的朋友，被这玩意弄疯了

孟浩巍: 我也遇到过这个问题，可能是python版本的问题，建议用2.7试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

正负匿 回复了问题 2018-08-22 22:41 测序序列 聚类分析 算法: 问答常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

正负匿: Biopython下有个聚类分析的模块Bio.Cluster，应该是包括了大多生物问题里需要的聚类分析方法了，可以看看 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr15.html; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-22 22:26 建设意见: 问答希望论坛设置一个新手入门专版

孟浩巍: 我觉得你的想法非常好！我们的内容会逐步积累起来，后期还会有咱们自己的培训课程。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

雪霁凝泫 回复了问题 2018-08-22 16:51 日常吐槽贴: 问答大噶好这里是罪恶之源

雪霁凝泫: Hello world~; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 6 回复

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