rMATS是如何得到外显子的两种isform的？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1571: 浏览

rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

可变剪切

rMATS比较差异是通过比较exon inclusion level 而exon inclusion level是通过exon skipping 和inclusion 两种isform计算的，那么这两种isform是怎么得到的呢？一条reads一条reads的去数嘛？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-08 10:22

rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach] 在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2018-09-07 12:01

更新时间: 2018-09-08 10:22

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2279 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1347 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 1906 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1906 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 1649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 2096 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 2655 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 1555 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 1972 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 3950 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？: 1666 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025