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孟浩巍 回复了问题 2018-09-16 09:53 RNA_seq: 问答请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-15 22:17 CHIpseeker: 问答 CHIPseeker

海王坑: 好吧问题已解决，重新安装包加载，还给包的作者发了邮件后，竟然收到了回复，很强。; 赞同1 反对 0 人感谢 4 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:31 可变剪切: 问答怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene [attach]220[/attach] 里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:28 WGCNA: 问答 [求助]WGCNA

孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

YDX 发起了提问 2018-09-14 16:24 肿瘤 cutoff选择: 问答一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

比如说百分之多少的样本count要大于某个值:; 关注问题 1  0  1 评论

pagu 回复了问题 2018-09-14 16:07 perl: 问答 perl的如何进行读取和循环的

pagu: 看外观这算是个shell+perl的混合，代码不全看不太懂，完整点兴许能分析一下; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-14 15:56 下载: 问答 axel，wget下载数据出错的问题，没头绪

笨阿牛: 这个问题没有答案吗？ Amazing！！！有没有试过wget的时候，用断点继续下载的方式：wget -b -c -i [url=http://www.http://?]www.http://?[/url] 然后看一下wget.log，看你的下载是否是100%的。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52 生信分析 生信问题: 问答请问cytoscape是怎么构建网络的？

Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

yuhang 发起了提问 2018-09-14 11:23 R语言 ggplot2: 问答 R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？

[b]我有一组数据大概是这样的，6个样品，每个设置两个不同的处理，数据测量完成之后进行T测验得到以下数据。[/b] [b]想用ggplot2画出柱状图，同时加上误差线和差异显著性的星号（每个处理的柱子中间）。[/b] [b]类似下面的这种：[/b] [attach]217[/attach]...:; 关注问题 1  0  1 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:23 转录组: 问答对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test；你既然没有这样的数据，做个t test就行了。但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:15 featurecounts FPKM: 问答 FPKM计算问题

孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本）或者 cuffnorm（多样本）; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:14 ClueGO Cytoscape miRNA_mRNA互作分析: 问答关于Cytoscape插件ClueGO的问题

孟浩巍: 对于gene节点来说，如果能分配到两个GO term里，就应该是两个对应的GO term的颜色。; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:12 二代测序 count: 问答二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

孟浩巍: 修改：你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-13 16:33 samtools: 问答两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。

城管大队哈队长: 找到原因了。。。。。。。{id}应该改成{i}; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

jiamin_2018 发起了提问 2018-09-13 15:28 stringtie与DESeq2: 问答 stringtie 与DESeq2

stringtie 与DESeq2 数据分析:; 关注问题 1  0  1 评论

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