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: 芯片数据分析

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综合问题文章简介

ChongWu 回复了问题 2018-09-21 15:17 芯片数据分析: 问答芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？

ChongWu: Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expre...; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

fcdslz 发起了提问 2018-09-20 22:09 Agilent 芯片数据分析: 问答安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 14:08 芯片数据分析: 问答当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

孟浩巍: 一般来说是不可以的。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 20:21 Limma 芯片数据分析: 问答求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 08:35 芯片数据分析: 问答小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

xiaoyingshi 回复了问题 2018-09-12 19:17 芯片数据分析: 问答芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？

xiaoyingshi: 芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。 1个经历：分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 回复了问题 2018-09-09 23:52 芯片数据分析: 问答使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

minipeach: 不能，需要取log; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 22:23 芯片数据分析: 问答在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

孟浩巍: 我个人的理解是这样的， 1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...; 赞同3 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

y461650833y 回复了问题 2018-09-04 16:25 芯片数据分析: 问答如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

y461650833y: 好好看看材料方法啊！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 15:33 芯片数据分析: 问答表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

孟浩巍: take this [url]http://aroma-project.org/[/url]; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

fcdslz 回复了问题 2018-08-25 01:21 Affy芯片 芯片数据分析: 问答关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

fcdslz: [attach]41[/attach] 终于找到了原来是这么个玩法那我都删了也行了; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:09 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: 问答 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 21:56 芯片数据分析: 问答基因表达芯片的分类问题

孟浩巍: 双通道是指扫描两次，1次红光，1次绿光；双通道只能表示相对强弱，不能够表示绝对强弱，因此不同样本不能比较，绝对数值大小。单通道就是扫描一次，单色的，可以表示绝对数值，不同样本，不同批次的芯片数据可以进行比较。常见双通道：甲基化芯片；常见单通道：SNP芯片，表达量芯片等等。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 14:45 芯片数据分析: 问答请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

孟浩巍: 芯片数据分析，大概可以分成这么几个步骤： [attach]10[/attach] 分别是背景矫正（background correction） -> 归一化（normalization） -> 合并探针（summarization）每一步的算法最常用的如下： [attach]11[/a...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

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