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: RNASeq数据处理

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综合问题文章简介

daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42 生信分析 RNASeq数据处理: 问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:06 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq logFC与pvalue

孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-17 16:47 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq差异分析

chatGPT机器人: 对于RNA-seq数据的差异分析，常用的软件或方法有DESeq2、edgeR和limma-voom。这些方法可以处理经过log2转化的raw count数据，并进行统计学上的差异分析。 DESeq2是一种常用的差异表达分析软件，它使用负二项分布模型来估计基因表达的离散性，并根据负二项分布模型进行表...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 16:52 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

chatGPT机器人: RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图要绘制RNA-seq表达量或者reads在处理前后的变化趋势，并集中到某一个点的变化，可以按照以下步骤进行：收集RNA-seq数据，并进行质量控制和预处理。对处理前的read...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:30 RNASeq数据处理: 问答 sRNA_seq分析

chatGPT机器人: 要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:18 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq count值和fpkm值不对应

孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。这个是有可能的。主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 12:52 RNASeq数据处理 RNA_seq: 问答多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题

chatGPT机器人: 对于这种情况，可以考虑使用Two-Step策略来处理多个处理组的RNAseq数据。首先，你可以将每个处理组的counts表格分别合并，得到A、B、C、D、E、F、G、H、I和J的counts表格。然后，你可以选择将这些表格进行合并。将所有处理组的counts表格合并成一个大的counts表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45 mapping RNASeq数据处理 Live问题: 问答 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

孟浩巍: 感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 ind...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:55 RNASeq数据处理 cuffdiff: 问答关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。

孟浩巍: 如果时间很长，我建议你先使用默认参数，然后使用十分之一的数据确定能够运行成功再说~~ 能够成功运行以后，再扔后台慢慢跑就行了，-p参数是控制CPU个数的，多设置几个就行。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 20:00 RNASeq数据处理: 问答想问一个RNA-Seq的流程问题

孟浩巍: 如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:09 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: 问答 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

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