3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

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GTEx项目的数据类型

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

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RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

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如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

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芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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如何在差异表达前消除批次效应

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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