在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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蛋白表达矩阵

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如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

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IOBR包输入基因表达矩阵要求

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如何在差异表达前消除批次效应

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ciriRNA表达量如何计算？（更）

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基因表达

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【求助】如何确定时期特定表达基因

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链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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