你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

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表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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植物基因组组装过程中如何去除质体序列

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用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?

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单细胞数据整合

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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WES数据下游分析和可视化结果展示

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来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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