该问题已被锁定!
1
关注
2080
浏览

芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作?

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
ChongWu 注册会员 用户来自于: 广东省广州市
2018-09-21 15:17
Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expression Normalization Workflow[/url],里面介绍的SVA和SNM包和算法可以较好地解决batch effect的问题。

关于作者

问题动态

发布时间
2018-09-12 19:02
更新时间
2018-09-21 15:17
关注人数
1 人关注

相关问题

数据下载
来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗?
给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集
DiffBind 标准化数据
二代转录组去除批次效应
分析CRISPR 高通量筛选数据
有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学)
转录组数据样本聚类结果不理想
pheatmap画图的数据导入问题
去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析?

推荐内容

在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法?
小麦660K芯片里,参考碱基那一列的A/C,哪个才是参考基因组的碱基?
基因表达芯片的分类问题
关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件,为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别?
Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时,可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因?
表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询?有没有网站进行过总结?
求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。
使用MAS5.0处理过的芯片数据,能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因,为什么不能?
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026