ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

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对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

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pheatmap画图的数据导入问题

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用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?

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axel，wget下载数据出错的问题，没头绪

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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如何在差异表达前消除批次效应

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基因表达芯片的分类问题

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奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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