关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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bulk-RNAseq数据集整合

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Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

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TCGA数据下载

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分析CRISPR 高通量筛选数据

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如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

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使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

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最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

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GTEx项目的数据类型

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奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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