来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3025: 浏览

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

赞同 0 0评论

关于作者

: tzjzzrz 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

关注人数: 2 人关注

相关问题

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 2692 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Rstudio怎么打开project: 3363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 2416 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 2125 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

RNA-seq logFC与pvalue: 2392 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 2325 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 2766 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 2966 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

单细胞RNA-seq分析流程: 3106 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 3536 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问关于生存分析的问题: 1418 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 2922 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 2993 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 4987 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 Picard Markduplicate: 3943 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问cytoscape是怎么构建网络的？: 2168 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中: 3436 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 2152 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 5213 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 3353 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026