来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3026: 浏览

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

赞同 0 0评论

关于作者

: tzjzzrz 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

关注人数: 2 人关注

相关问题

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 2693 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 2325 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2806 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 2125 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

RNA-seq logFC与pvalue: 2392 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 2766 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 3091 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 3507 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-: 2393 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

想问一个RNA-Seq的流程问题: 2326 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 3507 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2902 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 3353 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）: 4552 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 3237 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生信行业目前薪资怎样？谈谈吧: 4223 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问关于RSEM和RPKM: 2484 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问根据Barcode序列进行样本拆分？: 3351 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 2606 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026