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孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:01 RSutdio: 问答如何在Ubuntu 14.04 server版上安装Rstudio，并在网页上实现绘图功能？

孟浩巍: 安装server版的Rstudio以后是通过网页访问和调用服务器资源的，可以直接画图，和本地几乎没有区别。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:00 FASTQC 软件使用: 问答使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC

孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。仅此而已。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

fcdslz 回复了问题 2018-08-25 01:21 Affy芯片 芯片数据分析: 问答关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

fcdslz: [attach]41[/attach] 终于找到了原来是这么个玩法那我都删了也行了; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-24 23:19 问题求解 R heatmap 聚类分析: 问答用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

jailyn: ph = pheatmap(x,cluster_cols = F, cluster_rows = T, kmeans_k = 6) 用这个命令画出来成下边这个样子了 [attach]40[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:15 电脑配置: 问答请教一个电脑配置的问题

孟浩巍: 建议： 1. CPU最好是8代以后的i5或者是i7，如果是本地运行R的话，主频需要高一点，最好是3.5GHz以上； 2. 内存最少16GB； 3. 硬盘一定要SSD； 4. 系统，我个人推荐黑苹果，其次是windows，最后是裸奔Linux。以上。; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:09 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: 问答 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 22:55 Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析: 问答测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-24 13:06 日常吐槽贴: 问答想说爱你不容易

jailyn: 做完之后，感觉像十项全能; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

晨曦生辉耀匕尖 回复了问题 2018-08-24 12:17 建网页: 问答请问各位有什么好的建实验室主页的bootstrap等模板么

晨曦生辉耀匕尖: 你可以去网上查一下v3bootstrap，里面有很多的模板随便挑，你试试能不能行; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

有你就足够 回复了问题 2018-08-24 11:26 没事找事: 问答墙裂建议公众号扩大点影响力

有你就足够: 确实需要推荐，生信相关的网站比较少; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 4 回复

i_thinking 回复了问题 2018-08-24 11:12 edgeR 批次效应 差异表达: 问答如何在差异表达前消除批次效应

i_thinking: 可以试试deseq2; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

Eric 回复了问题 2018-08-24 10:33 生信入门: 问答 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？

Eric: 常用的例子都有 [url]https://github.com/lh3/seqtk[/url]; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

灵动的小猪 回复了问题 2018-08-24 00:32 生信入门 Gene ID转换: 问答【求助】如何确定一种基因ID的类型

灵动的小猪: 对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

文章写在生物坑开服之际--铁甲依然在

写在生物坑开服之际--铁甲依然在

2年前我带着一个小小的梦想来到帝都我以为我能找到以后前进的方向 2年里，风云渐变，前路越来越模糊。后来按照各种广告词里的说法很偶然的抱着试试看的态度我在知乎上买了孟...

日常吐槽贴

赞同13  519 浏览  7 评论 fcdslz 2018-08-24 00:27

minipeach 回复了问题 2018-08-23 21:58 生信入门 R Bioconductor GEOquery: 问答 GEOquery下载GEO数据软件报错

minipeach: 我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

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