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孟浩巍 回复了问题 2018-08-30 16:52 Chip_Seq: 问答老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。

孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

woson 回复了问题 2018-08-30 10:39 测序序列: 问答可否用sanger测序测某一基因的上下游序列

woson: PCR过后跑胶的条带如何？单向PCR出来的条带应该是弥散的。测序失败是指完全测不出来还是杂峰很多？; 赞同0 反对 0 人感谢 5 评论 1 回复

韩逸青 回复了问题 2018-08-29 16:19 测序序列 Illumina测序 测序原理: 问答第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗

韩逸青: 很棒多谢你啦; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 16:17 digeo: 问答最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好

孟浩巍: 2017年新的软件，还没有试过。之前我们用rMATS的结果挺好的，能够和实验结果match。目前我还是推荐用rMATS，毕竟这么多人检验过。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 16:13 甲基化预测: 问答【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 14:23 甲基化: 问答甲基化位点选择

孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 09:58 测序序列 bam GC含量: 问答 reads数越多，滑窗内GC含量降低

孟浩巍: perl代码…… pass下一题; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

皆坐 回复了问题 2018-08-29 09:16 fastp FASTQC: 问答使用fastp软件对fastq文件质控的问题

皆坐: 代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

契卡 回复了问题 2018-08-28 20:51 R语言 Jupyter Notebook: 问答 Jupyter Notebook 下R语言kernel 启动失败

契卡: 你除了R本身之外，IRkernel也是通过conda安装的吗？; 赞同2 反对 0 人感谢 5 评论 1 回复

sdge 回复了问题 2018-08-28 16:00 Bioconductor: 问答 bioconductor的问题

sdge: 多谢坑主去掉www貌似也不行> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'h...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 15:52 软件使用: 问答差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析

孟浩巍: 我建议你先了解一下这几个表的每一列都代表什么意思。然后再学习一下怎么画sashimiplot。最后，用rMATS官方的工具先画一些sashimiplot，之后就可以看了。对了，多说一句，rMATS计算出来的表格里面，已经给出了是否显著的信息~; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 12:55 算法 聚类分析: 问答 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

孟浩巍: closed reference: 分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接扔掉； open reference：分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接当de novo的reference来用； de nov...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 10:35 GO分析 无参转录组: 问答请问无参转录组的GO分析如何进行

孟浩巍: 现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~ 回头我专门写一个帖子讲这个事情。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 6 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-08-27 21:59 blast: 问答求教一个blastn的问题

Kevin_Lyu: 这里的关于输出内容的截图的信息不完整呀，看已经截取的信息里面，norovirus所在的位置是subject_id的位置呀，往右边拉应该是可以看到identity的呀; 赞同0 反对 0 人感谢 5 评论 1 回复

Czc 回复了问题 2018-08-27 21:56 TCGA R语言 RStudio: 问答我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数

Czc: 这样，先??函数名，查看是否属于这个包，然后载入相关package，然后实在不行就尝试重新安装该包，再就是不同包在安装的时候好像对一些依赖的编辑包会产生冲突，最好是在重新打开Rstudio然后在不载入其他package的情况下单独测试该包; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 4 回复

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