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ForceAres
在 2023-09-11 13:46 回答了问题
生信分析
Bowtie2使用中遇到的内存不足问题
ForceAres
:
大概率是机器的问题
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ForceAres
在 2023-06-06 12:01 回答了问题
转录组
转录组定量结果为0
ForceAres
:
调下featurecounts的参数,比如-M multi-mapping是否接受, -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id,没有就调-g
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ForceAres
在 2023-05-29 10:47 回答了问题
GATK
GATK call snp跳过了好大一块
ForceAres
:
大概率是因为这里没有reads覆盖,深度不足
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ForceAres
在 2023-05-29 10:46 回答了问题
单细胞RNA_seq
整合scRNA和scATAC相关问题请教
ForceAres
:
先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq,然后再找支持unpaired整合的工具,例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等,最后自己人工比较下效果。
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ForceAres
在 2023-05-24 15:50 回答了问题
比对统计
参考基因组
参考基因组添加外源基因序列进行比对
ForceAres
:
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker cellranger的官方教程,重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数...
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ForceAres
在 2023-05-24 15:39 回答了问题
GO分析
kegg功能注释
GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的
ForceAres
:
根据Clusterprofile里面表的默认排序,存在@result里面,查阅源码可知,这个表的默认排序是似乎是根据pavlue来的
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