用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

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用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

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3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

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i_thinking 注册会员用户来自于: 美国
2018-08-24 15:18

文章里的km应该是6.

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jailyn 前台管理员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-24 23:19

ph = pheatmap(x,cluster_cols = F, cluster_rows = T, kmeans_k = 6) 用这个命令画出来成下边这个样子了 [attach]40[/attach]

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关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

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