d507752023 回复了问题 2018-09-12 10:37

shell文件

问答 求助一个shell脚本问题

d507752023: for   i   in   `seq 1 100` ;do echo ***  SRR$i >>run.sh ;done

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 09:21

生物信息学 lncRNA

问答 如何筛选小鼠lncRNA?

孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。 我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。 同时，你需要关注一些lncRNA的database：   [url]http://www.noncode.org/[/url]   [...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-11 14:32

热图 绘图 R语言

问答 R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例

孟浩巍: 本质上图例也是一个heatmap，我当时是使用分割画，然后再拼到一起。

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whalefall 发起了提问 2018-09-11 10:23

软件使用

问答 oh my zsh怎么配置

目前在使用win下的ubuntu，但是觉得它的终端实在太丑，所以想利用zsh美化一下终端，大佬们有什么好建议么:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 20:00

RNASeq数据处理

问答 想问一个RNA-Seq的流程问题

孟浩巍: 如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。   也就是咱们视频里面的内容。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 19:52

double free

问答 double free or corruption 怎么解决

孟浩巍: 你这个描述得再详细一点。

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笨阿牛 发起了提问 2018-09-10 13:31

R语言分析数据

问答 x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

参照的是bioconductor workflow里面的RNAseq123教程。   输入class(x)的结果如下： [1] "DGEList" attr(,"package") [1] "edgeR"   而x本身包括三个列表x$samples x$counts 和x$genes   [b]上一...:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 11:22

z_score NIPT

问答 NIPT算出了z-score后想要基于z>3的值对Z值进行校正该用什么方法

孟浩巍: 我觉得问题没有太明确，首先我们需要理解z-score是什么，本质上z-score是原始数据 减去 原始数据的平均值，然后除以原始数据的样本标准差。这样变换以后，就是得到的z-score。   如果数据的原始分布是正态分布或者是近似正态分布，那么z-score以后就是标准正态分布 x ~ N(0,1)...

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海王坑 回复了问题 2018-09-10 10:58

问题求解

问答 linux系统中使用fastqc报错

海王坑: [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429参考这个[/url] 

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:40

linux下R软件安装，可能一次性解决所有的问题

问答 ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？

孟浩巍: 1. yum是centos默认的包管理器，apt-get是ubuntu默认的包管理器，有1个就行，不用都安装。都安装就有点像360安全卫士和腾讯管家都安了一样。   2. 既然定位是gcc的问题，可以使用apt-get直接重新安装gcc就好！

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:38

新基因鉴定 转录本

问答 stringtie和gffcompare处理转录本的问题

孟浩巍: 如果是鉴定新的lncRNA，应该是先compare再merge吧。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:34

生信分析 参考基因组

问答 网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

孟浩巍: 染色体里有一些简单重复序列，比如端粒，着丝粒，串联重复等等，这些序列的长度可以估算一个大概的值，但是测序的时候拼装不起来，比如N个AT串联。这个时候，我们的染色体在开头，中间，结尾的各个部分都会出现N的情况。   我之前写过一段程序，画了一下hg19和hg38两个human genome版本的N的情...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:30

生信分析

问答 请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

孟浩巍: 我一般建议从两个网站上考虑，第1个就是GO网站，看看这个gene的GO注释是什么，能说明一定的gene功能。 网址： [url]http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis[/url]   第2个是UniPort网站，里面会介绍有文献报道的功...

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minipeach 回复了问题 2018-09-09 23:52

芯片数据分析

问答 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

minipeach: 不能，需要取log

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pagu 回复了问题 2018-09-09 23:38

生信问题

问答 grep 能不能指定匹配第多少列？

pagu: cut -f 也可以指定列，然后管道去grep，效果相同

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