笨阿牛 回复了问题 2018-09-07 10:51

RStudio

问答 服务器linux系统上安装Rstudio和相应配置问题？

笨阿牛: 这个问题对于孟神来讲是很简单的！但是对于新手入门的话，还是需要一个感同身受的教程的。作为一个新手，我之前在网上搜教程，安装了一个不能绘图的12版本，又不会卸载，只能重装系统了，咳咳！ 这个问题和我之前提问的一样，我已经解决了！这个是别人提供的教程，亲测可行！ [url]https://www.rst...

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sysuwinux 回复了问题 2018-09-06 23:10

多因素COX

问答 多因素COX回归后画risk score曲线

sysuwinux: 我已经解决了这个问题 ，横坐标改为样本编号就可以了  附上结果图。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-06 16:14

基因组注释

问答 一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

孟浩巍: 一般都说的是正链。

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展翔逝时 回复了问题 2018-09-06 14:08

生信入门 数据处理

问答 去除数据中特异值的方法

展翔逝时: [url=https://onenote.com/webapp/pages?token=K10emmh5SYkW-ciU_U-05-CIYGbQ4Vei1fVGM-F0i6uak42LQlmv2B6IGu4TBWZS3mgdp6SLVhLBn6IgiyjAy8plsG7T-eT50undefined...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 16:59

linux

问答 服务器与终端的字符编码问题

孟浩巍: 你是用vim打开的吗？ less有可能不支持中文，vim可以支持的~ 

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:11

生信问题

问答 RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？

孟浩巍: 因为测序的时候是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上，所以在正常mapping回去的时候也应该是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上。   但是如果是circRNA被测序到，这个测序就会出问题，就会出现本来应该出现两种朝向完全相反的情况，当出现这种情况的时候，就是你要的cir...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:05

参考基因组

问答 请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义

孟浩巍: 请参考我的视频教程：   第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av12969326/[/url]   主要内容 [list] [*]Linux基础操作 （1:00 - 20:30)[/*] ...

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海王坑 回复了问题 2018-09-05 11:04

生物信息学 考研

问答 考研生物信息学院校推荐

海王坑: 其实国内并没有很多纯粹的生物信息学学院吧，看你自己的定位，结合自己的基础。如果自己是上游学科的基础，比如数学专业等出身，可以考虑算法开发往国外找找信息，国内老师大部分的方向还是在基于一个具体的研究，需要使用生信作为一门技术手段去分析数据，大部分处于一个下游学科方向，这样的话选择就挺多的了

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海王坑 回复了问题 2018-09-05 10:55

生信入门

问答 【求助】差异表达和特异表达

海王坑: 这个公式文章的链接能不能发一个 我觉得可以同时用这两种方法分析，相互验证或者取个交集，再下结论是这些基因导致品系差别

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 09:19

#单细胞测序QC

问答 如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤

孟浩巍: 是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。 你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。 我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。   另外，单细胞现在有各种完整的...

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y461650833y 回复了问题 2018-09-04 16:22

没事找事

问答 先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。

y461650833y: 我就希望今年文章顺利接收，年底顺利毕业！

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:21

生信分析

问答 关于RSEM和RPKM

孟浩巍: 癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。   个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。   我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:17

统计

问答 统计学，如何从入门到放弃？

孟浩巍: 统计的话，还是如果是做生物信息学相关的内容，我推荐这么几本书： 1. 基础的 浙江大学版本 《概率论与数理统计》   2. 进阶一点的 看第8版的 Fundamentals of Biostatistics，这本书貌似还没有中文译本，所以如果觉得吃力可以且看且用；   3. 《统计学习导论》 这本书...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 10:54

linux

问答 Linux下，通过循环批量拷贝文件。

孟浩巍: 我跟楼上想的方式类似：   [code]find -name "*.seg.txt" | grep -f ABSOLUTE_samp.csv | xargs -I {} cp {} $target_path/{}[/code]

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:54

htseq

问答 HTseq gtf文件的选择

孟浩巍: 请参考我之前的回答： [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/36065699[/url]

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