windowft 回复了问题 2018-09-09 22:07

问题求解

问答 bowtie2使用报错，求助啦

windowft: 谢谢大家，更换了内存条之后，就可以运行了，确实是电脑的内存不足

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-09 21:52

macs2 conda

问答 用conda 安装macs2，提示Solving environment: failed？

笨阿牛: 你好！我觉得你的应该是conda源的问题，因为我刚刚用了一下conda install macs2,已经显示安装成功。 你可以试试BBQ100里面的番外2，仔细看一下是否把所有该添加的源都添加了，这个应该是问题所在。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 22:23

芯片数据分析

问答 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

孟浩巍: 我个人的理解是这样的，   1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。   2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-09 15:01

问答 SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？

孟浩巍: 直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？ 可视化的话，直接用IGV

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徐寅生 发起了提问 2018-09-09 10:54

生信分析

问答 【求助】怎么能画出子网络图

我用cytoscape MCODE分析之后 软件没有把子网络图画出来，但是已经分析了结果。 那么，我怎么画出子网络? [attach]170[/attach] 已经解决了 问了一个白痴问题。原来是结果是有一颗 show的选项，点了才能显示:

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-08 22:24

Bioconductor R语言 软件安装

问答 R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？

笨阿牛: 首先感谢一下孟神！这个问题 [size=14]这个方案应该是起作用的：linux终端里输入 MAKE="make -j8"。[/size] [size=14]但是我的问题好像是：[/size]lzma.h: No such file or directory   error太多，我也不知道该怎么去解...

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shawn 发起了提问 2018-09-08 22:17

奇异值分解

问答 奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？

假设有一个行是基因，列是样品的矩阵,其内容是基因表达量，对这个矩阵进行奇异值分解,那么我们能从它的左奇异向量,右奇异向量和奇异值中得到什么信息？:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 21:01

差异基因软件比较

问答 关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因

孟浩巍: 我建议： cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因： 1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1； 2. log2foldchange 的绝对值大于1； 3. qvalue < 0.05;   DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件 算...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 20:54

deeptools. ChIP_seq

问答 含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示

孟浩巍: 怎么展示的都有，怎么漂亮怎么来。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:22

可变剪切

问答 rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

孟浩巍: rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach]   在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:17

转录组比对

问答 什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

孟浩巍: 楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/si...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:15

Ideogram可视化

问答 Ideogram的画法

孟浩巍: 这种ideogram，目前我认为比较好用的工具是 Bioconductor里面的IdeoViz包； [attach]164[/attach]     但是如果想要你说的这个效果，我觉得绝大多数情况下，应该都是画完以后后期再美化的。

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海王坑 回复了问题 2018-09-07 23:44

生信入门

问答 基因互作网络和蛋白互作网络

海王坑: http://stitch.embl.de/蛋白互作

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张建鹏 回复了问题 2018-09-07 17:50

数据库使用

问答 通过SRA编号寻找对应的文章

张建鹏: 到NCBI搜一下SRA编号，点进任意搜索结果，然后你找到PRJN开头的研究项目编号，点击就会出现你要的东西  

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-07 11:01

Bioconductor R语言 软件安装

问答 R语言安装"MotIV"软件包，出现如下报错怎么办？

孟浩巍: 如果是ubuntu系统，需要安装一个库 [code]sudo apt-get install libgsl0ldbl[/code]相关信息： [code]gsl-bin: GNU Scientific Library (GSL) -- binary package libgsl0-dbg: GNU ...

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