想问一个RNA-Seq的流程问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1338: 浏览

想问一个RNA-Seq的流程问题

RNASeq数据处理

就是在用cufflink计算得到fpkm值后，得到的gene.fpkm-tracking文件接下来需要做什么操作或者工具处理？是用cuffdiff得到差异基因的diff文件吗还是其他什么？看live和视频里是到了cufflink这一步都弄懂了，但是cuffdiff和最后的RNA-Seq分析结果文件是什么还有点懵，请教大家啦

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-10 20:00

如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。

赞同 1 2评论

关于作者

: General浩曦 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-10 19:41

更新时间: 2018-09-10 20:00

关注人数: 2 人关注

相关问题

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 1607 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

噬菌体比较基因组分析流程: 1723 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？: 1918 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 1448 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1464 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 1739 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 1649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求教一个blastn的问题: 1386 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

植物TWAS流程: 2263 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq logFC与pvalue: 1280 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 RNA-seq count值和fpkm值不对应: 2598 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 1908 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 1388 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2296 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 sRNA_seq分析: 1248 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq logFC与pvalue: 1280 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 1256 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 RNA-seq差异分析: 1687 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 1551 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图: 1361 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025