i_thinking 发起了提问 2018-09-20 10:27

homer motif分析

问答 homer

老铁们，找完motif，如何筛选可信的motif呢？谢谢:

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城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-19 21:09

从基因组上获取序列

问答 知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

城管大队哈队长: 制作成bed文件，用bedtools的getfasta即可。 楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。  

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minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38

生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题

问答 关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 20:21

Limma 芯片数据分析

问答 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。

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fcdslz 回复了问题 2018-09-19 00:23

服务器

问答 有台Dell工作站，如何配置成服务器

fcdslz: 这个问题有两个解决方案： 1 找个会搞的人解决 自己只学使用方法 2 学服务器搭建 这个其实也不难 但是如果自己平时买有装过操作系统的话  建议还是使用方案1 最为简单有效 因为学习服务器搭建这种事对于一个经常被电脑折腾的人来说 并不困难 但是对电脑小白来说 还是很麻烦的。 上面站长的回答属于方案2...

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rubick 发起了提问 2018-09-19 18:04

测序教程

问答 有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗

从rna到最后pathway 一套流程:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:58

基因组

问答 read过滤的问题

孟浩巍: 切了，就完事了。纠结那么半天。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:55

RNASeq数据处理 cuffdiff

问答 关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。

孟浩巍: 如果时间很长，我建议你先使用默认参数，然后使用十分之一的数据确定能够运行成功再说~~  能够成功运行以后，再扔后台慢慢跑就行了，-p参数是控制CPU个数的，多设置几个就行。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 13:54

TCGA

问答 TCGA数据下载

孟浩巍: TCGA的BAM数据需要授权下载，需要你们学院的院长提出申请，然后写申请报告之后才可以下载。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 13:53

miRNA

问答 问一个关于miRNA ID的问题

孟浩巍: 一般指版本号。

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sylar 发起了提问 2018-09-19 11:07

RNA_seq

问答 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

[b]#Load data[/b] counts=read.csv("F:/data.csv", row.names=1, header=TRUE, check.names=FALSE) [b]#converting counts to integer mode[/b] colData = data...:

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fcdslz 发起了提问 2018-09-19 09:51

R语言

问答 求助：R语言中rm(list=ls())的函数化方式？

如题:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 08:35

芯片数据分析

问答 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 22:03

sra文件解压缩

问答 双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图

孟浩巍: 可能是提交数据的时候，单端和双端测序的数据混在一起了。 建议后续分析的时候可以只用双端。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 17:19

基因 转录本 lnc筛选

问答 lnc筛选

孟浩巍: 一般情况下是都保留。

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