如何筛选小鼠lncRNA? - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1601: 浏览

如何筛选小鼠lncRNA?

目前在处理小鼠的胚胎时期数据，通过tophat2和cufflink、cuffmerge之后得到各个样本的gtf文件，我该如何知道哪些是lncRNA呢？在网上查询到的解答是通过CPC等软件进行预测，但是实验室的师兄告诉我小鼠的lncRNA已经被注释的差不多了，预测出来的不准，我下一步该如何挑出已知的lncRNA啊？求助！

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-12 09:21

lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [url]http://www.lncrnadb.org/[/url]

赞同 1 0评论

关于作者

: ProlexA 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-12 00:19

更新时间: 2018-09-12 09:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

bivalent domains 如何计算: 2426 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 3737 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

samtools view筛选cellranger比对结果: 1825 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？: 1003 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1491 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何对新建网站进行暴力测试？: 5399 浏览 8 关注 11 回答 0 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2874 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在差异表达前消除批次效应: 1723 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何批量绘制多条折线: 2270 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 1718 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问翻译序列: 1287 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 3281 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于cox回归分析问题: 881 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问关于几个数据库对GO注释的疑问: 2026 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2192 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 2951 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 2007 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 2344 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？: 1709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 2619 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025