HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

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使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图

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bowtie2使用报错，求助啦

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请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？

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R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例

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关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。

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网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

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linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

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Liux中gtftk closest_genes怎么使用？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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