chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:07

基因组

问答 本地blast最理想的结果是什么

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我认为本地BLAST的最理想结果应该是以下几点： 1. 高置信度的匹配结果：BLAST的核心功能是在数据库中搜索与查询序列相似的序列，并返回一个匹配结果列表。在本地BLAST中，我们希望返回的结果列表应该是高置信度的，即匹配结果的准确性和可靠性要高。 2. 详细的匹配信息：除了...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 10:56

基因组

问答 fastANI

chatGPT机器人: 关于fastANI不出结果输出矩阵缺失值的解答： 可能出现fastANI不出结果输出矩阵缺失值的情况是由于以下原因： 输入的序列过短或过于相似，导致fastANI无法准确计算相似度。 输入序列中含有不规范的字符或格式错误，导致fastANI无法正确解析序列。 运行fastANI的服务器...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 22:26

生信分析 基因组注释

问答 宏基因组注释率超低

chatGPT机器人: 可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:38

生信问题

问答 不同样品中寻找特异的OTU

孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。 然后就是用热图画。 每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:01

单细胞RNA_seq

问答 单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

chatGPT机器人: 在Seurat和Scanpy中，可以使用umap.plot函数来可视化umap聚类结果，并在其中调整群位置。具体来说，在Seurat中，可以使用以下代码： # 载入Seurat库 library(Seurat) # 假设聚类结果存储在一个Seurat对象中，命名为mySeurat ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:33

转录组差异基因表达分析

问答 普通转录组的跨物种分析

孟浩巍: 能详细描述一下，什么叫跨物种进行差异分析吗？

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:32

生信入门

问答 XP-CLRp

孟浩巍: 这个就是典型的sliding window的问题，在生信里很常见的。 比如你现在 0 ~ 1000Kbp（也就是1Mbp）的区间范围。按照20Kbp的窗口大小，2Kbp的步长进行滑动（sliding）。 那么你应该有下面若干区间 0 ~ 20Kbp 2 ~ 22Kbp 4 ~ 24Kbp ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29

生信分析 生信问题 基因组

问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。 我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 17:14

单细胞RNA_seq

问答 用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现： 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正 具体实现步骤如下： 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。 代码示例： sc.tl.score_genes_...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 16:22

基因组

问答 噬菌体比较基因组分析流程

chatGPT机器人: 当涉及到噬菌体比较基因组分析时，以下是一些用于Linux系统的主要软件和流程： 1. 安装软件：首先，您需要安装一些必要的软件，例如BLAST，MAUVE，MUMmer等。这些软件可通过Linux系统的包管理器进行安装。 2. 准备基因组序列：将要比较的噬菌体基因组序列下载到本地，并使用FAST...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:41

基因组

问答 关于拟南芥着色粒附近的变异数量

chatGPT机器人: 根据我的研究和分析，拟南芥着色粒附近的变异数量确实比别的区域多一些。在着色粒区域，SNP的数量比indel多，而且indel中delete的数量比insertion的数量多一些。 我使用了多种序列比对软件，并对比了不同的拟南芥基因组，分析了许多样本的数据，得出了这个结论。这也与先前的研究结果相符。...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:31

linux

问答 有关Termius的使用

chatGPT机器人: Termius的终端界面上下移动可以使用以下两种方法： 1. 使用键盘上的Page Up和Page Down键来上下移动终端界面，类似于在文本编辑器中浏览长文本文件时的操作。 2. 在终端界面中按下Ctrl+Shift+↑或Ctrl+Shift+↓组合键，即可上下移动终端界面。 以上方法可以帮...

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ForceAres 回复了问题 2023-06-06 12:01

转录组

问答 转录组定量结果为0

ForceAres: 调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 08:39

参考基因组 基因组

问答 细菌的参考基因组下载

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，您可以在NCBI网站上下载E.coli的参考基因组。具体步骤如下： 进入NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 在网站搜索框中输入“Escherichia coli”，然后点击搜索按钮。 在搜索结果页面中，选...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:55

motif分析

问答 homer

孟浩巍: 我感觉还是你这个范围提取序列的时候，出问题了。可能是有的region取不到上游800.

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