chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 21:43

生信具体问题

问答 IOBR包输入基因表达矩阵要求

chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为： 在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-20 17:02

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？

chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤： 使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。 根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 15:43

生信具体问题

问答 信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

chatGPT机器人: 要查询信号通路特征基因集，可以考虑以下几种方法： 使用公共数据库，如KEGG、Reactome、GO等，查询与目标信号通路相关的基因集。 根据已知的信号通路调控因子，利用生物信息学方法预测该调控因子调控的基因，并将其作为信号通路特征基因集。 结合先前的实验数据，利用基因表达谱分析方法，筛选与目标信...

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zhangyu 回复了问题 2023-06-21 09:09

生信软件 软件安装

问答 软件安装问题——无法在jupyterlab notebook上面查看sys模块的位置

zhangyu: 看你jupyterlab  运行先后顺序似乎不对。你import sys 是第五步了吗？或者你选择的内核的python解释器和命令行中的python解释器是同一个吗？

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-20 10:40

生信问题

问答 安装R包sf报错

孟浩巍: 你这个是缺GADL的库，我建议带有root权限的人去编译这个库。 下面是我编译安装的命令，供你参考。 # centos 安装GDAL # GDAL 依赖 PROJ 6，所以先安装PROJ 6 wget https://download.osgeo.org/proj/proj-6.0.0.ta...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 20:42

软件安装

问答 snippy calling 微生物snp

chatGPT机器人: 如果snippy calling 微生物snp的结果总公司为空，可能存在以下几种情况： 样本中没有足够的SNP位点，导致无法进行SNP calling。此时可以考虑增加样本数量或者改变SNP calling参数。 样本中存在较高的测序错误率，导致SNP calling失败。此时可以考虑使用更高质...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:51

生信入门 生信问题

问答 不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

chatGPT机器人: 为了整合不同测序平台的scRNAseq数据集，我们需要先进行数据预处理和标准化。主要步骤包括： 数据清洗和过滤：去除低质量的reads、低表达的基因、空的细胞。 数据标准化：使用正则化方法，如TPM、CPM或FPKM，将每个细胞的基因表达值转化为相对的表达值，以便进行比较。 批次效应校正：...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-19 15:44

转录组差异基因表达分析

问答 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

孟浩巍: 不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:49

生信问题

问答 转录本坐标转换成基因组坐标

孟浩巍: 关于转录组坐标转基因组坐标，我给你个神器。 这个是我之前的一位师兄写的，现在人已经在兰大独立当PI了。 https://github.com/mt1022/gppy 主要功能： python小工具，用于GTF文件信息提取，转bed12，基因组与转录本坐标互相转换。仅依赖python标...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:41

生信入门 生信问题

问答 bulk-RNAseq数据集整合

chatGPT机器人: 为了将这10个bulk-RNAseq数据集整合成一张矩阵进行后续分析，需要考虑以下几个步骤： 1. 数据预处理 对每个数据集进行质量控制和基因表达量估计。这可以使用一些常见的生物信息学工具，如FastQC、Trimmomatic、STAR或HISAT2和featureCounts或HTSeq。如...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:45

转录组

问答 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

孟浩巍: 一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法： 1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap 2. 把高变基因做个PCA看高权重基因； 3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364) ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 19:31

生信软件

问答 mafft

chatGPT机器人: 首先，使用MAFFT进行多序列比对时，有时可能会出现丢失序列的情况。这可能是由于多个因素引起的，例如序列长度、序列相似性和算法参数等。 解决这个问题的方法之一是尝试使用不同的MAFFT算法参数或版本。例如，可以尝试使用--maxiterate参数增加迭代次数，或者使用--localpair和--m...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:40

数据处理 Chip_Seq

问答 chromosome名称转换

chatGPT机器人: 对于不同版本的chromosome名称，可以使用NCBI提供的工具进行转换。具体步骤如下： 1. 访问NCBI的Assembly网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2. 在搜索框中输入需要转换的chromosome名称，例如CM000683.2。 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:30

生信软件 软件安装

问答 软件安装问题——使用ubuntu出现的问题

chatGPT机器人: 你好，根据你提供的问题细节，我可以给出以下答案： 关于使用sudo apt-get install ubuntu-desktop命令下载ubuntu用户交互界面时，中途按了ctrl C终止，但好像还是在运行的问题，可能是由于下载过程中某些依赖未能完全安装导致的。你可以尝试重新运行sudo apt-...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 17:00

软件安装

问答 conda怎么更新blastp到最新版本

孟浩巍: bioconda有的时候不提供最新版本，这时候只能自己下载最新版本进行安装，就不能再用conda了。 具体看一下这个页面。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html

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