该问题已被锁定!
2
关注
2297
浏览

用scanpy做单细胞分析,如何去除周期细胞的影响

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-07 17:14

在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现:

  1. 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析
  2. 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正

具体实现步骤如下:

  1. 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。
  2. 代码示例:

    sc.tl.score_genes_cell_cycle(adata, s_genes=s_genes, g2m_genes=g2m_genes)
  3. 将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正,可以使用AnnData对象的regress函数实现:
  4. 代码示例:

    sc.pp.regress_out(adata, ['S_score', 'G2M_score'])

关于作者

问题动态

发布时间
2023-06-07 17:05
更新时间
2023-06-07 17:14
关注人数
2 人关注

相关问题

生信常见的分析目标有哪些呢?
如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥)
分析CRISPR 高通量筛选数据
通过富集得到了一些信号通路,我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的,如何实现呢?
perl的如何进行读取和循环的
ATAC-seq与RNA-seq的联合分析
蛋白保守序列分析
如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列
关于基因间的相关性分析
使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

推荐内容

关于scrublet的使用
cellranger运行结果分析
单细胞亚类聚类和相关细胞分析
运行harmony后counts数变成小数
如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据?
单细胞RNA-seq分析流程
infercnv运行报错
请教多个scRNA样本整合问题
celseq2转换单细胞原始数据
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025