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用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

单细胞RNA_seq

scanpy的protocol里并没有去除细胞周期这一步，我们一般用seurat做的时候有个内置的周期细胞marker集，然后打分，做regress，不知道scanpy里会有这种函数吗？如何做？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-07 17:14

在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现：

使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析
使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正

具体实现步骤如下：

使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。

代码示例：

sc.tl.score_genes_cell_cycle(adata, s_genes=s_genes, g2m_genes=g2m_genes)

将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正，可以使用AnnData对象的regress函数实现：

代码示例：

sc.pp.regress_out(adata, ['S_score', 'G2M_score'])

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发布时间: 2023-06-07 17:05

更新时间: 2023-06-07 17:14

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