该问题已被锁定!
2
关注
3322
浏览

用scanpy做单细胞分析,如何去除周期细胞的影响

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-07 17:14

在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现:

  1. 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析
  2. 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正

具体实现步骤如下:

  1. 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。
  2. 代码示例:

    sc.tl.score_genes_cell_cycle(adata, s_genes=s_genes, g2m_genes=g2m_genes)
  3. 将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正,可以使用AnnData对象的regress函数实现:
  4. 代码示例:

    sc.pp.regress_out(adata, ['S_score', 'G2M_score'])

关于作者

问题动态

发布时间
2023-06-07 17:05
更新时间
2023-06-07 17:14
关注人数
2 人关注

相关问题

linux条件下,如何只删除文件夹
生信常见的分析目标有哪些呢?
sgRNA的GC content 是什么意思,该如何计算
bivalent domains 如何计算
请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库,处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响?
单细胞RNA-seq分析流程
如何下载指定文献的原始数据??
如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号?
在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读
请问如何查询某基因的详细的Biological Function?

推荐内容

DoubletfFinder Pk值相关计算的问题
单细胞seurat对象的基因过滤
在用seurat做多样本整合的时候的问题
单细胞RNA-seq分析流程
你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗?
​单细胞RNA-seq,如何计算不同cluster之间的相关性
pseudobulk分析
在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点
cellranger运行结果分析
使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025