转录组定量结果为0

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转录组

我在服务器上进行转录组分析时（拟南芥），使用hisat2做的比对，用featurecounts进行定量，但是发现有一个基因count和TPM值都为0，但是公司分析结果中这个基因有表达，我使用IGV查看了比对的bam文件，发现是有reads mapping，请问这个原因是？谢谢！

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ForceAres 初级会员用户来自于: 江苏省南京市
2023-06-06 12:01

调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-02 18:25

可能的原因有以下几点： 1. 序列覆盖不足：虽然该基因的reads可以成功比对到基因组上，但其覆盖度可能太低，无法达到featurecounts统计时的默认阈值，导致未被计数。 2. 基因注释不完整：featurecounts的定量依赖于基因组注释文件，如果该基因没有被完整地注释到基因组上，可能就无法被featurecounts所识别。 3. 转录本可变剪接：如果该基因存在可变剪接情况，featurecounts默认会将所有转录本的reads数目加起来作为该基因的表达量，而公司的分析结果可能是基于某个特定的转录本或剪接形式计算的表达量。 4. 差异表达分析方法不同：公司分析结果中该基因的表达量可能是基于其他的差异表达分析方法计算得出的，与featurecounts所使用的方法有所不同。针对以上可能原因，可以尝试增加转录组测序深度、更新或补充基因组注释文件、使用更加细致的转录本注释信息、或者尝试其他的差异表达分析方法等来解决该问题。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-05 14:30

你可以选一下view in pairs的模式，看一下这些reads的mapping是不是都是合理的。

然后再看一下，你的这个转录本是不是包含在你技术的gtf里。

最后再看看是不是质量比较低的mapping结果，是不是过滤掉了？

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-02 18:22

更新时间: 2023-06-06 12:01

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