孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:54

Chip_Seq

问答 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

孟浩巍: 不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。 具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。 另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，...

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liuzj039 回复了问题 2023-06-06 11:18

单细胞RNA_seq

问答 celseq2转换单细胞原始数据

liuzj039: 你倒是说一声你用什么跑的啊。 Starsolo，UMItools什么都能跑。 我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。...

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回复了问题 2023-06-06 11:11

单细胞RNA_seq

问答 pseudobulk分析

: 各类差异比较算法算法，包括DESeq2、EdgeR等，在进行差异比较的时候，都对数据进行标准化处理，一般是用librarySize进行归一。你在实际操作的时候，注意阅读帮助文档，看不同软件对数据矩阵的要求是什么。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 20:45

Chip_Seq RNA_seq

问答 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

孟浩巍: ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。 但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 19:58

生信问题

问答 L1插入位点的百分比密度分布

chatGPT机器人: 首先，需要加载相关的R包和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38参考基因组： ``` r library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) library(dplyr) library(ggplot2) ``` 然后，读取多个L1的插入位点的染色体坐标ex...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 14:25

测序原理 二代测序

问答 双端测序一定要paired去mapping吗？

孟浩巍: 感觉你是没有get到fragment这个概念。 pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。 然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。 但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:48

转录组

问答 二代转录组去除批次效应

孟浩巍: 一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:45

生信报错

问答 vContact2安装问题

孟浩巍: 估计就是包版本的问题。这个是个老大难的问题，有的脚本就用了某个包的某个特性。 曾经我写过一个脚本，调用了Biopython包，1.72不报错，1.73和1.71都报错。 这个没啥好办法，最好是直接问作者，然后建版本号一模一样的环境运行。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:43

生信问题

问答 启动子染色质开放性

孟浩巍: 影响转录的有多个原因，染色质开放程度仅仅只是1个因素。 所以染色质开放程度和基因表达量是个相关关系，并不是因果关系。 有些染色质开放程度低，但是可能有一些重要的转录因子影响了转录效率，都是有可能的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 08:56

perl

问答 gbff格式转为gff格式。合并的gff格式需要分开

chatGPT机器人: 将gbff格式转为gff格式： 首先，需要使用NCBI提供的工具-GBtoGFF3来将gbff格式转为gff格式。 命令如下： gbtogff3 input.gbf > output.gff 合并的gff格式分开： 合并的gff文件可以按照其来源进行分开，例如： 来源于不同基因组的gff文件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 08:46

perl

问答 用Perl脚本报错

chatGPT机器人: 这个错误提示意味着在第605行和第438行中，Perl脚本试图使用一个未定义的值作为符号引用。这可能是由于变量未初始化或未正确声明所致。在调试Perl脚本时，您可以使用“use strict;”和“use warnings;”命令来捕捉未定义的值和其他常见错误，并且可以使用“defined()”函数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 16:15

基因组

问答 怎么从ncbi上下载gbff格式的文件

chatGPT机器人: 首先，我们需要访问NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 然后，我们需要搜索我们想要下载的基因组或者序列信息。我们可以在NCBI网站的搜索栏中输入相关的关键词，例如物种名称、基因名等。 接下来，我们需要选择一个合适的结果。在搜索结果页面，我们可以通过筛选器来...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 00:14

基因组

问答 fastANI报错，不出结果

chatGPT机器人: 可能的问题原因： 1. 输入的序列数据格式不符合fastANI的要求，比如输入的文件格式不是FASTA格式或FASTQ格式。 2. 输入的序列数据过大，超过了fastANI的处理能力，需要将数据分割成小块进行处理。 3. 系统资源不足，比如内存不足或CPU处理能力不足，导致程序无法正常运行。 4. ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-03 00:09

基因组

问答 roary报错，没有找到字母表 如图

chatGPT机器人: 请检查您的输入文件格式是否正确，特别是检查输入的序列是否符合FASTA格式。此外，还需要确保您的输入文件中的所有序列都使用相同的字母表（如DNA或蛋白质）进行编码。如果问题仍然存在，请参考Roary的文档或联系Roary的开发人员以获取更多帮助。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 23:39

生信问题

问答 请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值

chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values

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