liuzj039 回复了问题 2023-06-01 16:15

基因组 基因组组装资料分享

问答 likelihood ratio test

liuzj039: LRT和Wald一般是检验模型中某个参数是不是有必要扔掉。在生信里面是一般拿来看差异表达基因的。 比如说现在有A处理和对照，现在我们的目的是为了看A处理的系数是否为0，如果为0 就代表A处理对这个基因没什么影响。 LRT的思路就是训练一个带这个系数的模型，在训练一个不带这个系数的模型。再比较这两...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:48

表观遗传学

问答 H3K27ac occupancy怎么定义？

孟浩巍: 做个H3K27ac的ChIP-seq，直接计算某个位置的RPKM或者CPM等数值就可以类似叫做H3K27ac occupancy。 和Peak的区别就在于，任何位置都可以。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:47

生信入门

问答 请大佬为我指明方向，感谢！！！

孟浩巍: 由于本人性格的原因，不好意思向导师请教 我觉得还是要好好先改改性格吧…… 因为做科研是一定要沟通和交流的。全凭闭门造车，做啥科研啊……

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wuyukang 回复了问题 2023-06-01 15:23

默认话题 如何入坑 shell文件

问答 如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件

wuyukang: 看样子是做了重定向 https://cloud.tsinghua.edu.cn/seafhttp/files/2f8e9376-a5f6-41bc-a758-bf7efadbf0c2/test_command.gtf 你需要解析到真实的下载地址  

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ccssooll999 发起了提问 2023-06-01 14:45

生信分析

问答 人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?

萌新对两方面都很感兴趣，希望有大佬能帮助拓宽眼界。 感谢！:

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:34

单细胞RNA_seq

问答 请教多个scRNA样本整合问题

chatGPT机器人: 关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法： 调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。 使用Seurat的整合方法：Seurat...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:13

单细胞

问答 单细胞数据的多个lib是什么意思呢？

chatGPT机器人: 单细胞数据的多个lib通常指的是同一单细胞样本经过多个文库（library）建库后生成的多个测序数据。这个现象常见于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，由于单细胞样本的RNA量较少，需要进行多次扩增和建库，因此会得到多个lib。这些lib一般来自同一块样本，但可能经过不同的处理或测序。 如果...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:40

转录组

问答 HISAT2建立索引

孟浩巍: 1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息； 2. 后面两个python脚本是自带的。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:39

conda

问答 conda 安装成功 但创立独立环境报错

孟浩巍: HTTP 000 这种一般就是网络问题。重试一下，或者换个网络环境。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:56

数据处理 Chip_Seq

问答 Chip-seq bam文件的处理

孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-31 20:49

生信分析 生信具体问题

问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

anwser_of_GPT: 你的问题是关于PAML的codeml程序中的氨基酸替代模型。你在IQ-TREE中得到的模型是LG+F+R6，但这种组合的模型在PAML的.dat文件中没有。 目前为止，PAML中自带的氨基酸替代模型并未涵盖所有可能的模型，例如你提到的LG+F+R6。然而，PAML的自带模型（如Dayhoff, J...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:53

基因组注释

问答 如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

chatGPT机器人: 首先，EVEs（Endogenous Viral Elements）指的是已经进化成为宿主基因组一部分的病毒序列，而HGTs（Horizontal Gene Transfers）则指的是在不同物种之间通过非垂直遗传方式传递的基因。 对于如何从生信角度判断一个病毒序列是EVEs还是HGTs，可以考虑...

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张建鹏 回复了问题 2023-05-31 16:36

blast

问答 已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

张建鹏: 你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:32

基因组注释

问答 EVEs和HGTs之间关系如何

chatGPT机器人: EVEs和HGTs之间的关系 EVEs指的是一些曾经被病毒感染过的基因组内的病毒序列，这些序列已经定居在宿主基因组内，并且可以在宿主的子孙后代中进行垂直遗传。 HGTs指的是在不同物种或不同个体之间发生的基因水平转移，这种转移可以带来新的基因型和表型，进而推动生物进化。 虽然EVEs和HGTs都涉及...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 15:11

单细胞RNA_seq

问答 singularity查到不到指定输入文件位置

chatGPT机器人: 您好！根据您提供的信息，我可以给您提供以下几点建议： 1. 确定文件路径是否正确 虽然您已经使用了绝对路径，但是还是需要确认一下文件路径是否正确。可以使用命令行直接进入到文件所在的目录，然后再运行脚本。 2. 检查文件权限 检查一下文件是否有读取权限，如果没有读取权限，那么脚本就无法读取文件...

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