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: 转录组差异基因表达分析

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-29 22:27 转录组差异基因表达分析: 问答麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

chatGPT机器人: 回答：在转录组差异分析中，筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本是一个常见的步骤。较低的比对率可能是由于样本质量不佳、测序错误或其他技术问题导致的。筛除这些样本可以提高分析的准确性和可靠性。具体来说，可以通过以下步骤筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本： 1.首先，可以使用...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 01:02 转录组差异基因表达分析: 问答为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

chatGPT机器人: 差异基因分析是通过比较不同条件下基因表达水平的差异来识别可能在不同生物过程中发挥重要作用的基因。在差异基因分析中，KO（knockout）是指将某个基因完全失活，以研究该基因在生物体内的功能。当差异基因分析中被KO的基因的log2FC（fold change）数值大于1时，意味着该基因在被KO后...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-22 20:36 转录组差异基因表达分析: 问答 samtools 有错误

chatGPT机器人: 问题描述：当使用samtools将sam文件转换为bam文件时，会出现报错信息：no version information available （required by samtools）。请问如何解决这个问题？这个问题会对最终结果产生影响吗？回答：这个错误信息通常是由于缺少依赖库或者配置问...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 18:06 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

chatGPT机器人: 在进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，出现一个基因对应两个不同的表达量数据可能有几种可能的情况。下面我将介绍这些情况以及对应的处理方法： 1. 基因表达量数据在不同的条件下出现差异：这可能是由于基因在不同条件下的表达水平存在真实的变化。在这种情况下，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 17:05 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

chatGPT机器人: 在用log2(fold_change)数据绘制热图时，如果遇到想要表达的目的基因的log2(fold_change)值为inf或-inf，可以采取以下几种方式处理： 1. 忽略这些特殊值：可以选择将inf或-inf的值视为缺失值，不纳入热图的绘制。这样可以避免这些极端值对整体热图的可视化效果产生干...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 16:45 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

chatGPT机器人: log2(fold_change)可以用来做热图。热图是一种用颜色编码的二维图表，用于展示基因表达水平或其他生物学测量值之间的关系。log2(fold_change)常用于比较两个条件或组之间的基因表达水平差异。取对数可以将数据范围限制在一个更小的区间内，使得数据更易于可视化和解释。当log2(...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:09 转录组差异基因表达分析: 问答转录组

孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-06 15:10 转录组差异基因表达分析: 问答转录组

chatGPT机器人: 这两种分析方法带来的分析差异主要在于数据的处理方式和聚类结果的解释。方法一采用了基因集的所有基因进行聚类分析。这种方法将所有基因纳入考虑，可以更全面地描述基因间的关系。聚类结果可以反映基因在代谢通路中的相互作用和表达模式。然而，由于存在基因间的交集，部分基因会被重复计算，可能导致一些基因的重要性...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 16:20 转录组差异基因表达分析: 问答肿瘤亚型分析

chatGPT机器人: 根据肿瘤亚型分析问题的细节，我们可以进行两种不同的分析方法：采用该通路所有基因进行聚类分析和采用该通路中存在肿瘤与正常组织表达差异的基因进行分析。下面是对这两种分析方法的比较和解释：采用通路所有基因分析亚型这种方法是将通路中的所有基因纳入分析，包括在肿瘤和正常组织中表达没有差异的基因。这种分析...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 14:59 转录组差异基因表达分析: 问答基因表达

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以对这个基因表达问题进行如下分析：基因表达是指基因在细胞中产生RNA和蛋白质的过程。在肿瘤组织中，低表达的基因可能是因为基因本身的异常或调控机制的改变。而通过生存Cox分析，我们可以评估基因是否与患者的生存率相关，并确定其在肿瘤中的作用。在这种情况下，低表达但在...; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-02 23:09 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 ciriRNA表达量如何计算？（更）

chatGPT机器人: 要计算ciriRNA的表达量，可以使用SRBPM（Spliced Reads per Billion Mapped Reads）或TPM（Transcripts per Million）进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤： ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-20 17:02 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 ciriRNA表达量如何计算？

chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-19 15:44 转录组差异基因表达分析: 问答 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

孟浩巍: 不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:06 转录组差异基因表达分析: 问答绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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