孟浩巍 回复了问题 2018-09-29 10:12

染色体

问答 想画一个染色体类似于条形码的图，大家有什么建议

孟浩巍: 我当时是这么解决的，就是把每一个重复区域的起始和终止位点都记录一下，然后画矩形。 效果图类似： [attach]276[/attach] 代码类似： [code]hg19_g_band = read.table("~/menghw_HD/reference/hg19_G-band.txt",he...

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tennify 回复了问题 2018-09-27 15:17

R语言分析数据

问答 调用R包后报错：XXX objects are masked……

tennify: 在一个网站上找到了答案：https://stackoverflow.com/questions/39137110/what-does-the-following-object-is-masked-from-packagexxx-mean，讲解的很详细。

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i_thinking 回复了问题 2018-09-27 15:04

生信问题

问答 rna-seq数据校正

i_thinking: 好的，感谢孟老师

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Pancras 回复了问题 2018-09-25 18:47

转录组差异基因表达分析

问答 如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

Pancras: 那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的

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xsp 发起了提问 2018-09-25 17:19

数据处理

问答 SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都...:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:27

linux下gcc+安装问题

问答 sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版

孟浩巍: 我看你这个问题好久了，我帮你搜了搜。 结果应该是几个包的版本冲突了，得一个一个卸载然后重新安装，如果特别麻烦你就重装系统吧…… 笑哭  

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:19

RNA_seq

问答 RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

孟浩巍: 这个是有可能的，因为1个gene对应多个转录本，你看到的是每个转录本的FPKM，你看基因的FPKM应该是合并了这些结果之后的表格。

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辅导辅导员的辅导员 发起了提问 2018-09-23 10:45

无参转录组

问答 无参基因组分析GO富集到了这一步不会做

我筛选完差异基因列表，然后也得到转录本对应的GO号如下但是下一步应该是整理这些GO号，大家都用clusterprofile但是我看了mannual发现用的ID要求的embl，所以。。下一步怎么整理求帮助 [attach]257[/attach]    :

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YDX 发起了提问 2018-09-22 22:51

生产分析

问答 根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

如何计算生存分析高表达和低表达的最佳的分割点，我算了每个点对应的log-rank pvalue，找到了最小的，但这样往往发现两组的样本量严重不对称，一组有100多个，另一组不到10个。 我想请问选择最佳分割点应该有哪些限制:

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Emile 回复了问题 2018-09-21 21:32

癌症相关信号通路

问答 通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？

Emile: 1. 看你是用什么数据集进行的富集分析，在数据原网站一般会有对通路的注释，例如前面答主提到的GSEA@ChoneWu； 2. 到KEGG和GO网站去检索，看对应通路的注释; 3. TCGA在今年上半年有分析致癌通路的文章，里面总结了10个致癌通路，可以看一下有没有你富集到的[url]https://...

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ChongWu 回复了问题 2018-09-21 15:17

芯片数据分析

问答 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

ChongWu: Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expre...

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fcdslz 发起了提问 2018-09-20 22:09

Agilent 芯片数据分析

问答 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 21:55

单细胞RNA_seq

问答 ​单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路：   1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；    

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 14:08

芯片数据分析

问答 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

孟浩巍: 一般来说是不可以的。

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i_thinking 发起了提问 2018-09-20 10:27

homer motif分析

问答 homer

老铁们，找完motif，如何筛选可信的motif呢？谢谢:

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