SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

1645: 浏览

SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

数据处理

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都是1030条reads。然后下载的SRR1924430_hdf5.tgz解压后，使用工具pbh5tools参数ccs提取fastq，emmm，reads数量：1025条。所以，问题1：为什么会出现如图所示的情况（没有输出的reads是什么，为什么不输出）？问题2：为什么从hdf5文件中提取的reads数量与下载的fastq中reads数量不一致?

好问题 0 评论收藏举报

0 回答

暂无回答

关于作者

: xsp 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 17:19

更新时间: 2018-09-25 17:19

关注人数: 1 人关注

相关问题

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 2325 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 3302 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 2902 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 2766 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

数据不平衡: 2186 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 3102 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GTEx项目的数据类型: 3077 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 2891 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 2212 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

单细胞数据的多个lib是什么意思呢？: 2280 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Chip-seq bam文件的处理: 3865 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux bam数据替换: 3225 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2 参考基因组注释比对: 3919 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chip-seq数据下载有多个SRA: 2914 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问验证数据集基因名称: 2403 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux软件安装: 2396 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错: 3824 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 2885 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问数据不平衡: 2186 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026