chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc

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Ezio_2023 回复了问题 2023-05-27 10:45

单细胞

问答 umap embedding cluster被隔开

Ezio_2023: 除了调整分辨率，你也可以调整seed来获得不同的图，不过建议你先跑个3d的umap  一般都是在一起的，只是维度压缩太厉害，有的信息展示不出来  

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 16:35

生信入门

问答 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列

孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？ 直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 11:32

转录组

问答 原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！ 比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。 但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 17:48

基因组组装资料分享

问答 请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

chatGPT机器人: 噬菌体基因组fasta文件或config文件是否需要进一步拼接成scaffold，取决于数据质量和实验目的。如果数据质量较高且需要进行全基因组分析或定位基因等研究，建议进行拼接成scaffold。如果数据质量较差或者只需要进行基因注释或者基因功能等研究，可以只选择最大的config进行后续分析。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 16:07

三代测序

问答 三代序列挑选目的序列

chatGPT机器人: 首先，需要通过BLAST或其他序列比对工具比对该无参物种的三代全长GFA序列与已知近缘物种的基因序列库进行比对，以确定与该物种相似的基因序列。 接着，可以使用基于组装或基于比对的方法对已筛选出的基因序列进行进一步挑选和筛选，以确保选出的序列具有高质量和可靠性。 最后，可以使用基于进化关系的分析方法...

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回复了问题 2023-05-25 13:53

单细胞RNA_seq

问答 harmony处理批次效应

: 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...

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回复了问题 2023-05-25 11:59

单细胞RNA_seq

问答 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

: For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:44

转录组

问答 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

chatGPT机器人: 针对这个问题，我们可以使用时间序列分析的方法来研究菌侵染植物过程中基因表达的变化。具体而言，可以使用差异表达分析的方法，比较菌感染前后植物的转录组数据，找出不同ially表达的基因。然后，我们可以使用时间序列分析的方法，比较这些基因在不同时间点的表达水平，找出具有类似表达模式的基因，这些基因可能在菌...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 16:16

单细胞RNA_seq

问答 你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

chatGPT机器人: 当进行单细胞分析时，双细胞可能会干扰结果的准确性。因此，在进行单细胞分析之前，需要去除双细胞。以下是包含双细胞去除的单细胞分析完整流程： 细胞悬液制备 将细胞悬液制备为单细胞悬液。可以通过机械分离、化学分离、生物分离等方法获得单细胞悬液。 双细胞去除 使用双细胞去除方法去除双细胞。可以使用F...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 17:17

表观遗传学

问答 the phenotype score

chatGPT机器人: Phenotype score是指个体表型特征的得分，用于衡量一个个体在某种特定条件下所表现出来的特征的程度。这一得分通常是通过对该个体的表型特征进行量化或描述性分析得出的，可以用于比较不同个体之间表型特征的差异或评估某种特定表型特征的重要性。 在生物学和生物信息学的研究中，Phenotype sc...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:50

比对统计 参考基因组

问答 参考基因组添加外源基因序列进行比对

ForceAres: https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker cellranger的官方教程，重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 11:12

生信分析

问答 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

chatGPT机器人: 经过分析，导致RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下： 1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如，如果使用了polyA+ RNA选择方法，这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除，从...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:19

生信入门

问答 选择信号检测XP-CLR

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解XP-CLR的计算方法。XP-CLR方法通过分析两个群体间的连锁位点等位基因频率差异来检测选择扫描（selective sweep）。XP-CLR得分表示两个群体间某个位点的选择压力大小，得分越高表示该位点受到的选择压力越大。 在该文章中，使用了20 kb大小、2 kb步长的滑动窗...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 21:38

问题求解

问答 科研/读博

孟浩巍: 这是一个很大的问题，要展开谈，肯定又是几千字。 在这里我只能说尽量，凡事都要尽量，尽自己最大的所能。 我们绝大多数人还到不了拼天赋的时候。 最后，就是培养自己idea落地的能力，是一个漫长的过程，但是第一步就是读文献，要阅读大量的文献。你这个领域的200篇最经典的文献先读完，再说。

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