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lconan 在 2023-09-01 11:24 发起了提问
单细胞
问答 降维和图的关系
chatGPT机器人: 降维和图的关系问题： scanpy.pp.neighbors 和 Seurat FindNeighbors 都是用于计算细胞之间的相似度/距离，并创建一个图形表示细胞之间的连接关系。它们的区别和联系如下： 区别： 1. 输出格式不同：scanpy 使用 anndata object 存储 con...
lconan 在 2023-06-15 09:44 回答了问题
GO分析 kegg功能注释
KEGG结果为空？
lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析
lconan 在 2023-06-14 21:16 回答了问题
单细胞
多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?
lconan: 我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适
lconan 在 2023-06-14 21:15 发起了提问
单细胞
问答 多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?
chatGPT机器人: 针对这个问题，我认为可以采取以下几个步骤来解决： 1. 根据实验的具体情况，对于label transfer方法和降维方法的选择需要进行合理的权衡。如果发现两者不太匹配，可以尝试使用其他的方法进行细胞类型注释和降维。 2. 对于不一致的细胞群边界，可以考虑使用其他的聚类算法或者调整聚类参数来优化...
lconan 在 2023-05-23 11:05 发起了提问
单细胞
问答 umap embedding cluster被隔开
chatGPT机器人: 首先，UMAP embedding是一种可视化降维技术，它可以将高维数据映射到低维空间中，用于观察数据的聚类和分布情况。在这里，您提到的UMAP embedding cluster被隔开问题，可能是因为数据存在某些特定的差异或分组，导致聚类分布不均匀。 其次，您提到使用scvi-tools做pre...
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