该问题已被锁定!
2
关注
1657
浏览

RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic 比例异常

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-24 12:45

主要是看你的建库策略,一般polyA + 的建库策略exonic比例会高;

ribo - 的建库策略,intronic比例会高。

这都没太大关系,只要你分析的时候,你的目标基因coverage是足够的即可。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-05-24 11:12

经过分析,导致RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下:

1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,如果使用了polyA+ RNA选择方法,这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除,从而导致intronic区域的比例升高,exonic区域的比例降低。另外,如果使用了ribo-depletion方法,这可能会导致一些RNA被去除,从而影响比对结果。

2.比对策略 比对策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,使用不同的比对软件可能会导致不同的比对结果。在这种情况下,使用不同的比对软件进行比对,并比较结果,可以确定比对软件是否是导致比例异常的原因。 总的来说,RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常可能是由建库策略或比对策略引起的。建议使用不同的建库策略和比对软件进行比对,并比较结果,以确定导致比例异常的原因。

问题动态

发布时间
2023-05-24 11:09
更新时间
2023-05-24 12:46
关注人数
2 人关注

相关问题

bowtie2比对 报错
RNA-seq分析,rlog需要生物学重复才行?有别的Normalization方法吗?
bowtie2比对报错((ERR): bowtie2-align exited with value 1)
RNA-seq logFC与pvalue
RNA-seq,样本中存在同一基因对应不同的FPKM值
请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库,处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响?
RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集?
RNA-seq count值和fpkm值不对应
ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因
请问在不考虑测序质量的情况下,如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基?

推荐内容

Picard Markduplicate
chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping
尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰
链特异性文库(mRNA/lncRNA/circRNA)如何将RNA类型分开?
宏基因组注释率超低
ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗?
生存分析KM-plot交叉问题
生存分析KM-plot问题
kraken2软件运行时内存分配的问题
关于生存分析的问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025