umap embedding cluster被隔开

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单细胞

scvi-tools 做preprocessing和normalization, 两个cluster互相隔开,这种情况是否说明pp还需要重新做. 且这不是第一次做,前面几次都分的很干净不会交叉的. 谢谢孟叔/其他大佬

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前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:59

单细胞聚类的结果在UMAP坐标上被隔开，可能反映了你的聚类结果优度不够，可以考虑修改聚类时参数n_neighbours或resolution，调试一下，应该能拿到你想要的图。

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Ezio_2023 注册会员用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-27 10:45

除了调整分辨率，你也可以调整seed来获得不同的图，不过建议你先跑个3d的umap 一般都是在一起的，只是维度压缩太厉害，有的信息展示不出来

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-23 11:14

首先，UMAP embedding是一种可视化降维技术，它可以将高维数据映射到低维空间中，用于观察数据的聚类和分布情况。在这里，您提到的UMAP embedding cluster被隔开问题，可能是因为数据存在某些特定的差异或分组，导致聚类分布不均匀。其次，您提到使用scvi-tools做preprocessing和normalization，这是一种常见的数据预处理方法，可以有效减少数据中的噪声和批次效应。但是，如果两个cluster互相隔开，可能需要重新考虑预处理和归一化的参数设置，或者尝试使用其他的聚类方法和参数来进一步分析数据。最后，您提到这不是第一次做，前面几次都分的很干净不会交叉的。这表明数据本身可能存在一些变化或者差异，导致新一次聚类结果与之前不同。因此，建议根据具体情况进行进一步分析和调整，以获得更准确的结果。

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: lconan 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-23 11:05

更新时间: 2023-05-27 10:45

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