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在 2023-06-08 17:00 回答了问题 单细胞RNA_seq: 在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点; : 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。; 赞同1 反对 0 人感谢 5 评论 2 回复

在 2023-06-06 11:11 回答了问题 单细胞RNA_seq: pseudobulk分析; : 各类差异比较算法算法，包括DESeq2、EdgeR等，在进行差异比较的时候，都对数据进行标准化处理，一般是用librarySize进行归一。你在实际操作的时候，注意阅读帮助文档，看不同软件对数据矩阵的要求是什么。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

在 2023-05-27 17:24 回答了问题 单细胞RNA_seq: 整合scRNA和scATAC相关问题请教; : 如果只是考虑运行速度问题，可以尝试用pyliger进行整合。但你是不是可以先做scRNA的整合，然后利用整合完的scRNA dataset与scATAC进行整合？; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 3 回复

在 2023-05-26 19:59 回答了问题 单细胞: umap embedding cluster被隔开; : 单细胞聚类的结果在UMAP坐标上被隔开，可能反映了你的聚类结果优度不够，可以考虑修改聚类时参数n_neighbours或resolution，调试一下，应该能拿到你想要的图。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

匿名用户在 2023-05-25 13:53 回答了问题 单细胞RNA_seq: harmony处理批次效应; : 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

在 2023-05-25 11:59 回答了问题 单细胞RNA_seq: DoubletfFinder Pk值相关计算的问题; : For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

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